GNUPLOT je interaktivní kleslící program řízený z příkazové řádky. Zaléží v něm na velikosti písmen (příkazy a jména funkcí napsaná malými písmeny neznamenají totéž jako ta samá velkými písmeny). Všechny názvy příkazů mohou být zkráceny jen pokud není zkratka dvojsmyslná. Na příkazové řádce se může objevit jakékoli množství příkazů, ale musí být odděleny středníkem (;). Řetězce se značí jednoduchými nebo dvojitými uvozovkami, např.
load "jmeno souboru"
cd 'adresar'
Předpokládá se, že jakékoli nápisy na příkazové řádce jsou příkazy Gnuplotu, s výjimkou standartních argumentů X11, které se zpracovávají přednostně. Každý soubor se otevírá příkazem load v určeném pořadí. Gnuplot skončí, jakmile je zpracován poslední soubor. Pokud nejsou zadány soubory k otevření, Gnuplot přejde do interaktivního stavu.
Příkazy mohou přesahovat několik vstupních řádků, ale každý řádek musí být ukončen lomítkem (/). Lomítko musí být poslední znak na řádku. To znamená, jako by tam žádné lomítko ani nový řádek nebylo. Tedy se nezahrnuje žádné bílé místo ani komentář není ukončen. Komentáře k řádce se provádějí samostatným příkazem (viz Komentáře).
V této nápovědě označují složené závorky ({}) volitelné argumenty k mnoha příkazům a svislá čára (|) odděluje vzájemně zaměnitelné možnosti. Klíčová slova programu Gnuplot nebo témata nápovědy jsou vyznačena uvozovkami nebo tučným písmem (kde je to možné). Hranaté závorky ([]) označují měnitelné symboly.
Pokud si chcete přečíst nápovědu k jákémukoliv tématu, napište help a název tématu. Nový uživatel programu Gnuplot by měl začít nápovědou k příkazu plot (napište help plot).